آلودگی آب یکی دیگر از خطرات سلامت مهم است که جمعیت جهان را تهدید می‌کند. اما درختان می‌توانند به کاهش این خطر کمک کنند. درختان قدرت بارش باران را کاهش داده و ریشه‌های آنها آب را تصفیه کرده و آبخوان را دوباره پر می‌کند. افزون بر این، درختان به کاهش روان آب‌ها و کاهش خطر سیل کمک می‌کنند. این شرایط نیز آلودگی آب را کاهش می‌دهد.